Уйдут ли лишние глады? Если да, то: когда, в каком порядке, можно ли мне на это влиять (оставить нужных), будет ли предупреждение об этом?

Те, что пришли с вами из старой версии, останутся даже если они в минусовых слотах.
По поводу предупреждений информация уточняется.